从事关联进口业务的企业时常会遭遇棘手难题，同一批进口货物，海关质疑申报价格偏低，要求实施估价补税，税务部门却认定采购价格虚高，不认可对应成本做税前扣除。两套监管体系对同一票货物给出不同判定标准，企业夹在中间进退两难，现实案例里就出现过关务计税货值与税务认可采购成本存在巨额差额，企业双向缴税，承担不必要的资金损耗。

海关与税务两套监管逻辑出发点截然不同。海关关注关联交易是否刻意压低货值，造成关税、进口增值税税款流失，一旦交易双方存在持股、控制等特殊关系，海关便有权对成交价格开展真实性核验，企业若能够举证该成交价对标非关联第三方的可比交易，便可证明特殊关系未对交易价格形成干扰。税务部门则聚焦企业是否借助抬高关联采购价格虚增成本，转移境内利润，规避企业所得税，依靠 42 号公告下的主体文档、本地文档、特殊事项文档三套同期资料完成转让定价合规校验。

不少企业容易踩中同期资料的时间与适用陷阱，本地文档提交截止时间为次年 6 月 30 日，和企业所得税汇算清缴时间并不重合，经常出现资料逾期。开展加工、分销相关业务的企业，只要出现年度亏损，不受交易金额门槛约束，同样需要编制本地文档。整套资料需要中文编制归档保存十年，不合规会面临行政处罚，还会留下监管负面印象。同期资料虽可作为海关价格抗辩的重要材料，但文档以利润维度论证独立交易原则，和海关侧重货物成交价格本身的评判逻辑并不完全匹配，内容表述不当，还会被海关反向引用解读，反而带来新风险，编制文档时应当补充海关估价视角的分析内容，兼顾两边监管口径。

针对关联进口的价格矛盾，深圳率先落地海关与税务的转让定价协同管理机制，合规且交易规模达标的企业可申请双部门联合评估，签署协同管理备忘录，同步获取海关价格预裁定以及税务预约定价安排，实现一个价格通关、税前扣除双向通用，大幅降低企业合规成本。暂未落地该机制的地区，企业也可以分头推进，提前向海关申请价格预裁定锁定进口申报价格，同步对接税务申请预约定价安排，分开完成两边的确权工作。

关联进口定价属于关务、财务共同的工作，单一部门很难妥善处理。企业要理清海关防低价、税务防高价的底层监管逻辑，规范做好同期资料管理，撰写文档兼顾海关估价视角，满足条件积极申请协同或者预裁定工具，从源头规避两边分别调增计税基数、双重税负的尴尬处境。